工程动力学研究所（Institute of Dynamics and Control）包括动力学与控制、振动与控制和计算动力学三个研究室、以及振动实验室和地震波勘探开发研究所。针对航空航天、国防和石油等领域重大工程中动力学问题，开展基础理论、数值模拟、实验技术和工程应用的研究，例如深空探测，非开普勒轨道控制，大型柔性充液航天器动力学与控制 ；旋转机械在线监测诊断系统，空间站动力学参数的在轨识别，500 米口径大型射电望远镜馈源支撑系统动力学与控制 ；强冲击载荷作用下材料与结构力学行为的多尺度、多种介质、多物理场耦合数值分析方法的研究，核设备强度分析与安全评价 ；弹性波衍射层析成像、小波去噪、多波多分量地震勘探预测裂缝性油气藏、坝体地震地质分析等。